医院设有皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学、皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学、肾病科、心身医学科、药学部、妇科、骨科、儿科、肛肠科、康复科、呼吸科、风湿病科等科室。其中，卫生部国家临床重点专科8个（皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学），国家中医药管理局重点专科13个（皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学、肾病科、心身医学科、药学部、妇科、骨科），北京市中医管理局重点专科5个（儿科、肛肠科、康复科、呼吸科、风湿病科），北京市中医特色诊疗中心7个（中医皮肤科、中医心血管、消化中心、针灸、中医儿科、中医妇科及中医治未病中心）。另外，还设有北京市中医研究所、北京市中药研究所、北京市国际针灸培训中心、北京市赵炳南皮肤病研究中心等。
北京中医医院医院设立有6个医技科室：放射科、核医学科、病理科、医学检验科（包含输血科）、超声诊断科、营养科。配备大型医疗设备近50种：如3.0T磁共振仪、256层极速CT、数字平板血管造影系统、SPECT/CT、超声内镜、双板数字DR、心脏三维标测系统、全自动智能采血系统、全数字平板乳腺摄影系统、聚焦超声肿瘤消融机、数字胃肠造影系统、彩色超声诊断系统、术中CT、全自动生化分析仪等现代化医疗设备。中药房常备中药饮片近660种，诸多院内制剂来源于名老中医及专家的验方、秘方和科研成果，现有批准文号的院内制剂192种，其中中药制剂164种，丸、散、膏、颗粒、胶囊、洗剂、酊剂、油剂等近20种剂型，70余种为临床常用制剂。病房煎药室始终保留一人一方，直火砂锅煎药的传统煎药模式。
医院承担着本科生、硕士生、博士生的教学任务, 截止到2018年7月，拥有中医专科教研室20个，拥有学科硕士培养点9个。拥有博士生导师11人、硕士生导师47人。教授、副教授共55人；共获科研成果奖240项，其中省部级以上科研奖95项。
个人简介
孟广松，副主任医师，首都医科大学毕业，中华医学会会员，中华中医药学会会员，中国医师协会会员。2002年开始在北京中医院临床工作至今，擅长中医养生调理，亚健康调理，体质调理。运用中医传统辩证体系，如：三焦辨证、六经辨证、八纲辨证、卫气营血辨证等思辨体系，诊治临床慢性、疑难疾病。
社会任职
中国中医药信息研究会全科医学分会理事
北京中医药学会肺系病专业委员会委员
李伯华 副主任医师：专业擅长
荨麻疹、湿疹（特应性皮炎）、白癜风、带状疱疹及后遗神、掌跖病、、瘙痒症、口腔溃疡
个人简介
李伯华，硕士，副主任医师，讲师，中医皮肤科专业，毕业于上海中医药大学，师承上海顾氏、夏氏皮外科传人李斌、张明教授，工作后致力于赵炳南中医皮科流派学术的研究和传承，并拜国医大师贺普仁教授弟子程海英教授为师，学习贺氏针道。第六批全国老中医药专家学术经验继承工作继承人；第三批《北京市中医药人才培养计划》(简称“125计划”)初级人才培养人员。
社会任职
中华中医药学会皮肤科分会青年委员
获奖荣誉
第五届“中医药社杯”全国高等中医院校青年教师基本功竞赛中医临床初中级组三等奖
2016年北京中医药大学教师讲课比赛总决赛特等奖。